Zawartość
Skamieliny można podzielić na pięć rodzajów w zależności od procesu ich przechowywania. Gdy organizm zostanie pochowany przez osad, może pozostawić skamielinę, jeśli osad zostanie przekształcony w skałę. Wrażenia pozostawione w skale przez organizmy nie są oryginalnym materiałem, takim jak tkanka i szkielet ze stworzenia. Materiał organiczny jest zastępowany, przekształcany lub rozpuszczany w czasie geologicznym.
Permineralizacja
Po pochowaniu organizmu puste przestrzenie mogą zostać zaatakowane przez wody gruntowe. Jeśli woda jest bogata w minerały, wytrącą się lub skrystalizują w tym samym kształcie co organizm. Kryształy wypełniają i zastępują organizm, który się rozpuszcza. Jeśli organizm rozkłada się powoli, może powstać więcej kryształów, zapewniając wyższy poziom szczegółowości.
Formy i odlewy
Często organizm jest z czasem całkowicie usuwany przez rozpuszczenie lub rozkład. Wnęki powstałe w wyniku zanikania organizmu mogą zostać wypełnione osadami. Po zniknięciu organizmu w skale pozostawia się tylko wrażenie. Jeśli skamielina jest negatywną powierzchnią organizmu, powstaje pleśń. Jeśli organizm wypełnia osad, wówczas jest to obsada.
Rekrystalizacja
Jeśli materiał organiczny nie zostanie usunięty, można go zmienić, aby stał się częścią skamieliny. Ciepło i ciśnienie pochodzące z pochówku w osadach mogą zmienić strukturę pierwotnego materiału z organizmu. Wapń w kościach może przekrystalizować w kalcyt lub aragonit. Związki w organizmie, które są rekrystalizowane, są uporządkowane w celu utworzenia nowych minerałów. Rekrystalizacja występuje najczęściej w kościach lub skorupkach o wysokiej zawartości wapnia.
Zwęglenie
Żywe istoty zawierają duże ilości węgla. Gdy zostaną pochowane i skompresowane, mogą zamienić się w ciemne czarne formy pierwotnego organizmu. Intensywne ciepło i ciśnienie ściskają skamielinę i odkształcają ją. Przy wystarczającej ilości ciepła i ciśnienia powstaje węgiel. Skamieliny liści roślin znajdują się w stanie niezniekształconym, ale zwęglonym, ponieważ leżą płasko i są dwuwymiarowe. Materiał nie jest usuwany przez karbonizację, ale zmieniany.
Bioimmuracja
Formy życia czasami rosną nad sobą. Życie morskie, takie jak koral, tworzy splecione struktury, które często konsumują lub otaczają inne kawałki koralowca lub gąbki morskiej. Pleśnie lub wgłębienia można pozostawić w pozostałościach kopalnych koralowców, które same są oddzielnymi skamielinami. Organizm bez twardej skorupy pozostawi puste przestrzenie w otaczającym go większym stworzeniu.