Zawartość
DNA jest jedną z nielicznych kombinacji liter stanowiących rdzeń dyscypliny naukowej, która wydaje się wzbudzać znaczny poziom zrozumienia nawet u osób z niewielką ekspozycją biologiczną lub naukową w ogóle. Większość dorosłych, którzy słyszą zwrot „Jest w jej DNA”, natychmiast rozpoznaje, że dana cecha jest nieodłączna od opisywanej osoby; że cecha ta jest jakoś wrodzona, nigdy nie odchodzi i można ją przenieść na te osoby, dzieci i nie tylko. Wydaje się, że jest to prawdą nawet w umysłach tych, którzy nie mają pojęcia, co oznacza „DNA”, czyli „kwas dezoksyrybonukleinowy”.
Ludzie są, co zrozumiałe, zafascynowani koncepcją dziedziczenia cech od rodziców i przekazywania ich własnych cech potomstwu. To naturalne, że ludzie zastanawiają się nad własną spuścizną biochemiczną, nawet jeśli niewielu może to sobie wyobrazić w tak formalny sposób. Uznanie, że małe, niewidoczne czynniki wewnątrz każdego z nas rządzą tym, jak dzieci wyglądają, a nawet zachowują się, z pewnością było obecne od wielu setek lat. Ale dopiero w połowie XX wieku współczesna nauka ujawniła w chwalebnych szczegółach nie tylko to, jakie były cząsteczki odpowiedzialne za dziedziczenie, ale także jak wyglądały.
Kwas dezoksyrybonukleinowy jest rzeczywiście genetycznym błękitem, który wszystkie żywe stworzenia utrzymują w swoich komórkach, unikalnym mikroskopijnym palcem, który nie tylko sprawia, że każdy człowiek jest dosłownie jedyny w swoim rodzaju (identyczne bliźniaki poza obecnymi celami), ale ujawnia wiele niezbędnych informacje o każdej osobie, od prawdopodobieństwa bycia powiązanym z inną konkretną osobą po szanse na rozwój danej choroby w późniejszym życiu lub przeniesienie takiej choroby na przyszłe pokolenia. DNA stało się nie tylko naturalnym centralnym punktem biologii molekularnej i nauk przyrodniczych jako całości, ale także integralnym elementem kryminalistyki i inżynierii biologicznej.
Odkrycie DNA
Jamesowi Watsonowi i Francisowi Crickowi (a rzadziej Rosalind Franklin i Maurice Wilkins) powszechnie przypisuje się odkrycie DNA w 1953 r. Jednak to postrzeganie jest błędne. Krytycznie badacze faktycznie ustalili, że DNA istnieje w trójwymiarowej formie w kształcie podwójnej helisy, która jest zasadniczo drabiną skręconą w różnych kierunkach na obu końcach w celu uzyskania spiralnego kształtu. Ale ci zdeterminowani i często celebrowani naukowcy „tylko” opierali się na żmudnej pracy biologów, którzy pracowali w poszukiwaniu tych samych ogólnych informacji już w latach 60. XIX wieku, eksperymentów, które były tak samo przełomowe jak badania Watsona, Crick i inni w erze badań powojennych.
W 1869 r., 100 lat przed podróżą na Księżyc, szwajcarski chemik Friedrich Miescher starał się wyodrębnić składniki białkowe z leukocytów (białych krwinek), aby określić ich skład i funkcję. To, co zamiast tego wyodrębnił, nazwał „nukleiną” i chociaż brakowało mu narzędzi potrzebnych do nauczenia się, czego mogliby się nauczyć przyszli biochemicy, szybko zauważył, że ta „nukleina” była związana z białkami, ale sama nie była białkiem, że zawierała niezwykła ilość fosforu oraz to, że substancja ta była odporna na degradację przez te same chemiczne i fizyczne czynniki, które degradowały białka.
Minęło ponad 50 lat, zanim prawdziwe znaczenie pracy Mieschera po raz pierwszy stało się oczywiste. W drugiej dekadzie XX wieku rosyjski biochemik, Phoebus Levene, jako pierwszy zaproponował, aby to, co dziś nazywamy nukleotydami, składało się z części cukru, części fosforanowej i części podstawowej; że cukrem była ryboza; i że różnice między nukleotydami wynikały z różnic między ich zasadami. Jego model „polinukleotydu” miał pewne wady, ale jak na dzisiejsze standardy, był wyjątkowo celowy.
W 1944 roku Oswald Avery i jego koledzy z Rockefeller University byli pierwszymi znanymi badaczami, którzy formalnie zasugerowali, że DNA składa się z jednostek dziedzicznych lub genów. Kontynuując swoją pracę, podobnie jak Levene, austriacki naukowiec Erwin Chargaff dokonał dwóch kluczowych odkryć: po pierwsze, że sekwencja nukleotydów w DNA różni się w zależności od gatunku organizmu, w przeciwieństwie do tego, co zaproponowała Levene; i dwa, że w każdym organizmie łączna ilość zasad azotowych adenina (A) i guanina (G), niezależnie od gatunku, była praktycznie zawsze taka sama jak całkowita ilość cytozyny (C) i tyminy (T). Nie do końca doprowadziło to Chargaffa do wniosku, że pary A z parami T i C z G we wszystkich DNA, ale później pomogły podważyć wnioski wyciągnięte przez innych.
Wreszcie, w 1953 roku, Watson i jego koledzy, korzystając z szybkiego ulepszania sposobów wizualizacji trójwymiarowych struktur chemicznych, połączyli wszystkie te odkrycia i zastosowali modele kartonowe, aby ustalić, że podwójna helisa pasuje do wszystkiego, co wiadomo o DNA w żaden sposób inaczej mógłby.
DNA i cechy dziedziczne
DNA zostało zidentyfikowane jako materiał dziedziczny w życiu rzeczy na długo przed wyjaśnieniem jego struktury, a jak to często bywa w badaniach eksperymentalnych, to ważne odkrycie było w rzeczywistości przypadkowe dla głównego celu badaczy.
Zanim antybiotykoterapia pojawiła się pod koniec lat trzydziestych XX wieku, choroby zakaźne pochłonęły znacznie więcej ludzi niż obecnie, a odkrywanie tajemnic odpowiedzialnych organizmów było kluczowym celem w badaniach mikrobiologicznych. W 1913 r. Wspomniany wcześniej Oswald Avery rozpoczął pracę, która ostatecznie ujawniła wysoką zawartość polisacharydu (cukru) w kapsułkach pneumokokowych gatunków bakterii, które zostały wyizolowane od pacjentów z zapaleniem płuc. Avery wysunął teorię, że stymulują one produkcję przeciwciał u osób zakażonych. Tymczasem w Anglii William Griffiths wykonywał prace, które wykazały, że martwe składniki jednego rodzaju powodującego chorobę pneumokoku można zmieszać z żywymi komponentami nieszkodliwego pneumokoku i wytworzyć chorobotwórczą formę, niegdyś nieszkodliwą; udowodniło to, że cokolwiek przeniosło się z martwych do żywych bakterii, było dziedziczne.
Kiedy Avery dowiedział się o wynikach Griffithsa, postanowił przeprowadzić eksperymenty oczyszczania w celu wyizolowania precyzyjnego materiału u pneumokoków, który był dziedziczny i znajdował się w kwasach nukleinowych, a dokładniej nukleotydach. DNA było już mocno podejrzane o posiadanie czegoś, co wówczas powszechnie nazywano „zasadami transformacji”, więc Avery i inni przetestowali tę hipotezę, wystawiając materiał dziedziczny na działanie różnych czynników. Te, o których wiadomo, że niszczą integralność DNA, ale są nieszkodliwe dla białek lub DNA, zwane DNAazami, były wystarczające w dużych ilościach, aby zapobiec przenoszeniu cech z jednego pokolenia bakterii na drugie. Tymczasem proteazy, które rozszczepiają białka, nie wyrządziły takich szkód.
Po powrocie do pracy Averys i Griffiths ponownie, podczas gdy ludzie tacy jak Watson i Crick zostali słusznie chwaleni za swój wkład w genetykę molekularną, ustalenie struktury DNA było faktycznie dość późnym wkładem w proces uczenia się o tym spektakularna cząsteczka.
Struktura DNA
Chargaff, choć oczywiście nie opisał w pełni struktury DNA, wykazał, że oprócz (A + G) = (C + T), dwie nici, o których wiadomo, że są zawarte w DNA, zawsze były w tej samej odległości od siebie. Doprowadziło to do postulatu, że puryny (w tym A i G) zawsze związane z pirymidyny (w tym C i T) w DNA. Miało to trójwymiarowy sens, ponieważ puryny są znacznie większe niż pirymidyny, podczas gdy wszystkie puryny są zasadniczo tej samej wielkości, a wszystkie pirymidyny są zasadniczo tej samej wielkości. To implikuje, że dwie połączone purynki zajmowałyby znacznie więcej przestrzeni między niciami DNA niż dwie pirymidyny, a także, że każda dana para purynowo-pirymidynowa zajmowałaby tyle samo miejsca. Umieszczenie wszystkich tych informacji wymagało, aby A wiązał się z T i tylko z T, i żeby ta sama relacja obowiązywała dla C i G, jeśli ten model miał się udać. I ma.
Zasady (więcej o nich później) wiążą się ze sobą wewnątrz cząsteczki DNA, jak szczeble w drabinie. Ale co z pasmami lub „bokami” samych w sobie? Rosalind Franklin, współpracując z Watsonem i Crickiem, założyła, że ten „kręgosłup” został wykonany z cukru (konkretnie cukru pentozowego lub o strukturze pierścieniowej pięciu atomów) i grupy fosforanowej łączącej cukry. Ze względu na nowo wyjaśniony pomysł parowania zasad, Franklin i inni uświadomili sobie, że dwie nici DNA w pojedynczej cząsteczce są „komplementarne”, lub w efekcie lustrzanymi odbiciami siebie na poziomie ich nukleotydów. Pozwoliło im to przewidzieć przybliżony promień skręconej formy DNA z dużą dokładnością, a analiza dyfrakcji rentgenowskiej potwierdziła strukturę helikalną. Pomysł, że helisa była podwójną helisą, był ostatnim ważnym szczegółem na temat struktury DNA, który znalazł się na swoim miejscu w 1953 roku.
Nukleotydy i zasady azotowe
Nukleotydy są powtarzającymi się podjednostkami DNA, co jest odwrotnością mówiąc, że DNA jest polimerem nukleotydów. Każdy nukleotyd składa się z cukru zwanego dezoksyrybozą, który zawiera pięcioboczną strukturę pierścieniową z jednym tlenem i czterema cząsteczkami węgla. Cukier ten jest związany z grupą fosforanową, a dwa punkty wzdłuż pierścienia od tej pozycji są również związane z zasadą azotową. Grupy fosforanowe łączą cukry ze sobą, tworząc szkielet DNA, którego dwie nici skręcają się wokół związanych zasad ciężkich w azocie w środku podwójnej helisy. Spirala wykonuje jeden pełny obrót o 360 stopni mniej więcej raz na 10 par zasad.
Cukier związany tylko z zasadą azotową nazywa się nukleozyd.
RNA (kwas rybonukleinowy) różni się od DNA na trzy kluczowe sposoby: po pierwsze, uracyl pirymidynowy zastępuje tyminę. Po drugie, cukier pentozowy to raczej ryboza niż dezoksyryboza. I po trzecie, RNA jest prawie zawsze jednoniciowy i występuje w wielu formach, których omówienie wykracza poza zakres tego artykułu.
Replikacja DNA
DNA jest „rozpakowywane” na dwie komplementarne nici, kiedy przychodzi czas na wykonanie kopii. Gdy tak się dzieje, pasma potomne powstają wzdłuż pasma samotnego rodzica. Jedną z takich nici potomnych tworzy się w sposób ciągły przez dodanie pojedynczych nukleotydów pod działaniem enzymu Polimeraza DNA. Ta synteza po prostu przebiega wzdłuż kierunku rozdzielania nici macierzystego DNA. Drugi wątek potomny tworzy się z małych polinukleotydów zwanych Fragmenty Okazaki które faktycznie tworzą się w przeciwnym kierunku do rozpakowywania nici macierzystych, a następnie są łączone razem przez enzym Ligaza DNA.
Ponieważ dwie nici potomne są również komplementarne względem siebie, ich zasady ostatecznie łączą się ze sobą, tworząc cząsteczkę dwuniciowego DNA identyczną z macierzystą.
W bakteriach, które są jednokomórkowe i nazywane prokariotami, pojedyncza kopia DNA bakterii (zwana także jej genomem) znajduje się w cytoplazmie; nie ma jądra. W wielokomórkowych organizmach eukariotycznych DNA znajduje się w jądrze w postaci chromosomów, które są wysoce zwinięte, buforowane i przestrzennie skondensowane cząsteczki DNA o długości zaledwie milionowych części metra, a białka zwane histony. Podczas badania mikroskopowego części chromosomów, które pokazują naprzemienne „szpule” histonów i proste nici DNA (zwane chromatyną na tym poziomie organizacji) są często porównywane do kulek na sznurku. Niektóre DNA eukariotyczne znajdują się również w organellach zwanych komórkami mitochondria.