Zawartość
- Etylenodiaminotetraoctan do oczyszczania DNA
- Chlorek magnezu do amplifikacji DNA
- Bromek etydyny do barwienia DNA
Analiza DNA obejmuje różne rodzaje eksperymentów molekularnych i procedur biologicznych. DNA jest kruchym i skomplikowanym surowcem, dlatego jego obsługa i analiza wymaga najlepszej jakości i najczystszego przygotowania chemikaliów. W zależności od analizy w badania DNA zaangażowane są setki chemikaliów, od kwaśnych i podstawowych roztworów po bufory i barwniki. Zrozumienie, dlaczego stosuje się niektóre chemikalia, jest kluczem do przeprowadzenia udanych eksperymentów i uzyskania dokładnych, wiarygodnych i powtarzalnych wyników.
Etylenodiaminotetraoctan do oczyszczania DNA
Trzy rodzaje DNA są oczyszczane do pracy naukowej: DNA z genomu (genomowy DNA), cały DNA z komórki (całkowity DNA) lub z plazmidów, które mogą się namnażać. Całkowite oczyszczanie DNA komórek wykorzystuje substancje chemiczne, które pozwalają na zniszczenie wielu błon komórkowych podczas lizy komórek. Chemiczny etylenodiaminotetraoctan (EDTA) jest często stosowany do usuwania jonów magnezu, które są wymagane do utrzymania sztywności ścian komórkowych, powodując ich osłabienie do punktu, w którym zapadają się lub rozrywają, uwalniając zawartość komórek i DNA do analizy. Ponadto EDTA chroni i zachowuje integralność DNA, hamując enzymy normalnie obecne w komórce, które mogą rozdrobnić DNA i uczynić go bezużytecznym.
Chlorek magnezu do amplifikacji DNA
Reakcja łańcuchowa polimerazy (PCR) jest wyrafinowaną metodą analizy stosowaną do amplifikacji kilku tysięcy kopii cząsteczki DNA, jednak jest obarczona problemami technicznymi i niedokładnościami. Dlatego wielu naukowców rutynowo wykonuje kilka różnych zestawów PCR w celu znalezienia najbardziej optymalnych warunków i parametrów dla określonego genu będącego przedmiotem zainteresowania. Jedną substancją chemiczną stosowaną do przeprowadzenia takiej optymalizacji jest magnez, który stabilizuje enzym polimerazy DNA stosowany w PCR i działa jako niezbędny kofaktor dla aktywności enzymu. Do PCR magnez stosuje się w postaci buforu chlorku magnezu.
Bromek etydyny do barwienia DNA
Bromek etydyny jest barwnikiem, który wiąże się z DNA, wsuwając się między nukleotydy, które tworzą podwójną helisę DNA w procesie znanym jako interkalacja. Barwnik ten można następnie oświetlić lampą ultrafioletową, dzięki czemu można zwizualizować DNA, z którym związany jest bromek etydyny. Jednak do prawidłowego widzenia bromku etydyny wymagany jest co najmniej 1 nanogram DNA, dlatego jest to jeden ze sposobów wykrywania DNA zamplifikowanego za pomocą PCR. Chociaż jest tani i szeroko stosowany, jest również mutagennym związkiem chemicznym powodującym raka, więc jego stosowanie w laboratoriach jest ściśle regulowane, a wielu naukowców decyduje się na stosowanie mniej toksycznych alternatyw.