Łatwiejszy cykl Krebsa

Zawartość

• Glikoliza: Ustawianie etapu
• Cykl Krebsa: Podsumowanie kapsułek
• Nurkowanie głębiej w reakcje cyklu Krebsa
• Mnemonik dla studentów

Cykl Krebsa, nazwany na cześć laureata Nagrody Nobla z 1953 r. I fizjologa Hansa Krebsa, to seria reakcji metabolicznych zachodzących w mitochondriach komórek eukariotycznych. Mówiąc prościej, oznacza to, że bakterie nie dysponują maszynerią komórkową dla cyklu Krebsa, a więc ograniczają się do roślin, zwierząt i grzybów.

Glukoza jest cząsteczką, która ostatecznie jest metabolizowana przez żywe stworzenia w celu pozyskiwania energii, w postaci trifosforanu adenozyny lub ATP. Glukoza może być przechowywana w ciele w wielu postaciach; glikogen to niewiele więcej niż długi łańcuch cząsteczek glukozy, który jest przechowywany w komórkach mięśniowych i wątrobowych, podczas gdy węglowodany, białka i tłuszcze w diecie zawierają również składniki, które mogą być metabolizowane do glukozy. Kiedy cząsteczka glukozy dostaje się do komórki, jest rozkładana w cytoplazmie na pirogronian.

To, co stanie się potem, zależy od tego, czy pirogronian wejdzie na ścieżkę oddychania tlenowego (zwykły wynik), czy na ścieżkę fermentacji mleczanowej (stosowaną w ćwiczeniach o wysokiej intensywności lub pozbawieniu tlenu), zanim ostatecznie pozwoli na produkcję ATP i uwolnienie dwutlenku węgla ( WSPÓŁ₂) i woda (H₂O) jako produkty uboczne.

Cykl Krebsa - zwany również cyklem kwasu cytrynowego lub cyklem kwasu trikarboksylowego (TCA) - jest pierwszym krokiem na szlaku tlenowym i działa w celu ciągłej syntezy wystarczającej ilości substancji zwanej szczawiooctanem, aby kontynuować cykl, chociaż widzicie, to nie jest tak naprawdę „misja”. Cykl Krebsa zapewnia również inne korzyści. Ponieważ zawiera około ośmiu reakcji (i odpowiednio dziewięciu enzymów) z udziałem dziewięciu różnych cząsteczek, pomocne jest opracowanie narzędzi, które pozwolą utrzymać ważne punkty cyklu prosto w głowie.

Glikoliza: Ustawianie etapu

Glukoza jest sześciowęglowym (heksozą) cukrem, który z natury ma zwykle postać pierścienia. Jak wszystkie monosacharydy (monomery cukrowe), składa się z węgla, wodoru i tlenu w stosunku 1-2-1, o wzorze C₆H.₁₂O₆. Jest jednym z produktów końcowych metabolizmu białka, węglowodanów i kwasów tłuszczowych i służy jako paliwo w każdym typie organizmu, od jednokomórkowych bakterii po ludzi i większe zwierzęta.

Glikoliza jest beztlenowa w ścisłym tego słowa znaczeniu „bez tlenu”. Oznacza to, że reakcje zachodzą, czy O₂ jest obecny w komórkach lub nie. Uważaj, aby odróżnić to od „tlenu nie może być obecne ”, chociaż dzieje się tak w przypadku niektórych bakterii, które faktycznie są zabijane przez tlen i są znane jako obligatoryjne beztlenowce.

W reakcjach glikolizy sześciowęglowa glukoza jest początkowo fosforylowana - to znaczy ma dołączoną grupę fosforanową. Powstała cząsteczka jest fosforylowaną formą fruktozy (cukru owocowego). Ta cząsteczka jest następnie fosforylowana po raz drugi. Każda z tych fosforylacji wymaga cząsteczki ATP, z których obie są przekształcane w difosforan adenozyny lub ADP. Sześciowęglowa cząsteczka jest następnie przekształcana w dwie trójwęglowe cząsteczki, które szybko przekształcane są w pirogronian. Po drodze, w przetwarzaniu obu cząsteczek, wytwarzane są 4 ATP za pomocą dwóch cząsteczek NAD + (dinukleotyd nikotynoamidoadeninowy), które są przekształcane w dwie cząsteczki NADH. Zatem dla każdej cząsteczki glukozy, która wchodzi w glikolizę, powstaje sieć dwóch ATP, dwóch pirogronianów i dwóch NADH, podczas gdy konsumowane są dwa NAD +.

Cykl Krebsa: Podsumowanie kapsułek

Jak wspomniano wcześniej, los pirogronianu zależy od zapotrzebowania metabolicznego i środowiska danego organizmu. U prokariotów glikoliza plus fermentacja zapewnia prawie wszystkie potrzeby energetyczne pojedynczych komórek, chociaż niektóre z tych organizmów ewoluowały łańcuchy transportu elektronów które pozwalają im wykorzystać tlen do uwolnienia ATP z metabolitów (produktów) glikolizy. U prokariotów, jak również u wszystkich eukariotów, ale drożdży, jeśli nie ma dostępnego tlenu lub jeśli potrzeby komórek nie mogą być w pełni zaspokojone przez oddychanie tlenowe, pirogronian przekształca się w kwas mlekowy poprzez fermentację pod wpływem enzymu dehydrogenazy mleczanowej lub LDH .

Pirogronian przeznaczony do cyklu Krebsa przemieszcza się z cytoplazmy przez błonę organelli komórkowych (składniki funkcjonalne w cytoplazmie) o nazwie mitochondria. Gdy znajdzie się w matrycy mitochondrialnej, która jest rodzajem cytoplazmy dla samych mitochondriów, ulega przekształceniu pod wpływem enzymu dehydrogenazy pirogronianowej do innego trójwęglowego związku zwanego acetylokoenzymem A lub acetylo CoA. Wiele enzymów można wybrać z szeregu chemicznego ze względu na wspólny sufiks „-ase”.

W tym miejscu powinieneś skorzystać ze schematu szczegółowo opisującego cykl Krebsa, ponieważ jest to jedyny sposób na znaczące podążanie; zobacz Zasoby dla przykładu.

Tak nazwano cykl Krebsa jako taki, że jeden z jego głównych produktów, szczawiooctan, jest również reagentem. To znaczy, gdy dwuwęglowy acetylo CoA wytworzony z pirogronianu wchodzi w cykl od „w górę”, reaguje z szczawiooctanem, cząsteczką czterowęglową i tworzy cytrynian, cząsteczkę sześciowęglową. Cytrynian, symetryczna cząsteczka, obejmuje trzy grupy karboksylowe, które mają postać (-COOH) w formie protonowanej i (-COO-) w formie nieprotonowanej. To trio grup karboksylowych nadaje temu cyklowi nazwę „kwas trikarboksylowy”. Synteza jest napędzana przez dodanie cząsteczki wody, co powoduje reakcję kondensacji i utratę części koenzymu A acetylo-CoA.

Cytrynian jest następnie przegrupowywany do cząsteczki z tymi samymi atomami w innym układzie, co jest odpowiednio nazywane izocitrate. Ta cząsteczka następnie emituje CO₂ aby stać się pięciowęglowym związkiem α-ketoglutaranu, a w następnym etapie dzieje się to samo, gdy α-ketoglutaran traci CO₂ jednocześnie odzyskując koenzym A, aby uzyskać sukcynylo CoA. Ta czterowęglowa cząsteczka staje się bursztynianem wraz z utratą CoA, a następnie jest przekształcana w proces z czterowęglowymi deprotonowanymi kwasami: fumaranem, jabłczanem i wreszcie szczawiooctanem.

Centralne cząsteczki cyklu Krebsa są więc w porządku

Pomija to nazwy enzymów i wielu kluczowych współreagentów, w tym NAD + / NADH, podobną parę cząsteczek FAD / FADH₂ (dinukleotyd flawin adeninowy) i CO₂.

Należy pamiętać, że ilość węgla w tym samym punkcie w dowolnym cyklu pozostaje taka sama. Szczawiooctan wychwytuje dwa atomy węgla, gdy łączy się z acetylo CoA, ale te dwa atomy są tracone w pierwszej połowie cyklu Krebsa jako CO₂ w kolejnych reakcjach, w których NAD + jest również redukowany do NADH. (W chemii, aby nieco uprościć, reakcje redukcji dodają protony, podczas gdy reakcje utleniania usuwają je.) Patrząc na cały proces i badając tylko te dwu-, cztero-, pięcio- i sześciowęglowe reagenty i produkty, nie jest to natychmiast wyjaśnij, dlaczego komórki miałyby być czymś podobnym do biochemicznego diabelskiego młyna, z różnymi kierowcami z tej samej populacji, którzy są ładowani na koło i z niego, ale nic się nie zmienia pod koniec dnia, z wyjątkiem wielu obrotów koła.

Cel cyklu Krebsa jest bardziej oczywisty, gdy spojrzysz na to, co dzieje się z jonami wodoru w tych reakcjach. W trzech różnych punktach NAD + zbiera proton, aw innym punkcie FAD zbiera dwa protony. Pomyśl o protonach - ze względu na ich wpływ na ładunki dodatnie i ujemne - jako o parach elektronów. W tym ujęciu punktem cyklu jest gromadzenie wysokoenergetycznych par elektronów z małych cząsteczek węgla.

Nurkowanie głębiej w reakcje cyklu Krebsa

Można zauważyć, że w cyklu Krebsa brakuje dwóch kluczowych cząsteczek, które prawdopodobnie będą obecne w oddychaniu tlenowym: Tlen (O₂) i ATP, forma energii wykorzystywana bezpośrednio przez komórki i tkanki do wykonywania takich czynności, jak wzrost, naprawa i tak dalej. Ponownie dzieje się tak, ponieważ cykl Krebsa stanowi narzędzie do ustawiania reakcji łańcuchowych transportu elektronów, które zachodzą w pobliżu, raczej w błonie mitochondrialnej niż w matrycy mitochondrialnej. Elektrony zebrane przez nukleotydy (NAD + i FAD) w cyklu są wykorzystywane „dalej”, gdy są akceptowane przez atomy tlenu w łańcuchu transportowym. W efekcie cykl Krebsa usuwa cenny materiał z pozornie nietypowej okrągłej taśmy przenośnika i eksportuje do pobliskiego centrum przetwarzania, w którym pracuje prawdziwy zespół produkcyjny.

Zwróć też uwagę, że pozornie niepotrzebne reakcje w cyklu Krebsa (w końcu, po co podejmować osiem kroków, aby osiągnąć to, co można by zrobić w trzech lub czterech?) Generują cząsteczki, które, chociaż są produktami pośrednimi w cyklu Krebsa, mogą służyć jako reagenty w niezwiązanych reakcjach .

Dla porównania, NAD akceptuje proton w krokach 3, 4 i 8 oraz w pierwszych dwóch z tych CO₂ jest przelana; cząsteczka trifosforanu guanozyny (GTP) jest wytwarzana z PKB w etapie 5; a FAD akceptuje dwa protony w etapie 6. W etapie 1 CoA „opuszcza”, ale „wraca” w etapie 4. W rzeczywistości tylko etap 2, przegrupowanie cytrynianu w izocitrate, jest „cichy” poza cząsteczkami węgla w reakcja.

Mnemonik dla studentów

Ze względu na znaczenie cyklu Krebsa w biochemii i fizjologii człowieka studenci, profesorowie i inni wymyślili wiele mnemoników lub sposobów zapamiętywania nazw, aby pomóc zapamiętać kroki i reagenty w cyklu Krebsa. Jeśli chce się tylko pamiętać o reagentach węglowych, produktach pośrednich i produktach, można pracować z pierwszymi literami kolejnych związków, jakie się pojawiają (O, Ac, C, I, K, Sc, S, F, M; tutaj, zauważ, że „koenzym A” jest reprezentowany przez małe „c”). Z tych liter możesz utworzyć spersonalizowaną frazę z pierwszymi literami cząsteczek, które służą jako pierwsze litery w słowach frazy.

Bardziej wyrafinowanym sposobem radzenia sobie z tym jest użycie mnemoniki, która pozwala śledzić liczbę atomów węgla na każdym etapie, co może pozwolić na lepszą internalizację tego, co dzieje się z biochemicznego punktu widzenia przez cały czas. Na przykład, jeśli pozwolisz, aby sześcioliterowe słowo reprezentowało sześciowęglowy szczawiooctan, i odpowiednio dla mniejszych słów i cząsteczek, możesz stworzyć schemat, który będzie użyteczny zarówno jako urządzenie pamięci, jak i bogata informacja. Jeden z autorów „Journal of Chemical Education” zaproponował następujący pomysł:

Tutaj widzisz sześcioliterowe słowo utworzone z dwuliterowego słowa (lub grupy) i czteroliterowego słowa. Każdy z trzech kolejnych kroków obejmuje podstawienie pojedynczej litery bez utraty liter (lub „węgla”). Następne dwa kroki wiążą się z utratą litery (lub ponownie „węgla”). Reszta schematu zachowuje czteroliterowy wymóg słowa w taki sam sposób, w jaki ostatnie etapy cyklu Krebsa obejmują różne, blisko spokrewnione czteroczęściowe cząsteczki.

Oprócz tych konkretnych urządzeń, może okazać się korzystne, aby narysować sobie pełną komórkę lub część komórki otaczającej mitochondrium i naszkicować reakcje glikolizy tak szczegółowo, jak chcesz w części cytoplazmatycznej i cyklu Krebsa w mitochondriach część matrycowa. Na tym szkicu pokazanoby, jak pirogronian jest transportowany do wnętrza mitochondriów, ale można również narysować strzałkę prowadzącą do fermentacji, która występuje również w cytoplazmie.