Zawartość
Elektroforeza żelowa jest metodą stosowaną w laboratoriach do mierzenia i sortowania nici DNA. Jest to konieczne, ponieważ DNA w normalnych warunkach jest zbyt mały, aby nim manipulować, nawet jeśli oglądany jest przy użyciu większości mikroskopów. Laboratorium elektroforezy żelowej stosuje stosunkowo prostą procedurę, a tę samą podstawową technikę można również zastosować do oddzielenia poszczególnych białek.
Matryca Żelowa
Aby rozpocząć procedurę elektroforezy żelowej, najpierw musisz utworzyć żel. Zazwyczaj żele są wytwarzane w cienkich arkuszach przy użyciu substancji zwanej agarozą. Sproszkowaną agarozę umieszcza się w kolbie, a następnie w roztworze słonej wody zwanym buforem. Tę mieszaninę agarozy i buforu ogrzewa się, aż obie substancje stopią się, a następnie wlewa do formy formującej. Urządzenie zwane grzebieniem jest następnie umieszczane na jednym końcu formy, zanim żel ostygnie. Gdy żel jest chłodzony, grzebień jest usuwany, pozostawiając małe szczeliny, które zostaną wykorzystane do przechowywania próbek DNA.
Specjalna cecha schłodzonej mieszaniny agarozy (zwanej matrycą żelową) wynika z faktu, że powstaje ona w słonej wodzie. Po zelektryfikowaniu matryca stanie się przewodząca, umożliwiając przepływ prądu wzdłuż jej długości. Kolejną specjalną właściwością matrycy żelowej jest obecność regularnych mikroskopijnych otworów. Otwory te umożliwią przejście nici DNA przez matrycę żelową i ułatwią proces sortowania.
Komora elektroforezy
Następnym krokiem jest utworzenie komory elektroforezy. To małe prostokątne pudełko, połączone z dodatnim i ujemnym połączeniem elektrycznym na obu końcach. Komory są zazwyczaj płytkie, wystarczająco małe, aby zmieściły się na blacie stołu i zbudowane z przezroczystych materiałów, takich jak pleksiglas.
Roztwór słonej wody wlewa się na dno komory elektroforezy, a matryca żelowa jest lekko zanurzona w tym roztworze. Słona woda służy dwóm celom: wspomaganiu przepływu prądu i utrzymywaniu wilgoci w matrycy żelowej. Ponieważ DNA napędzany jest ładunkiem ujemnym, umieść matrycę, aby próbki znajdowały się obok ujemnego połączenia elektrycznego.
Przygotowanie DNA
Następnie przygotowywane są próbki DNA. Ponieważ DNA w roztworze jest prawie niemożliwe do zobaczenia, do każdej pojedynczej próbki dodaje się barwnik zwany buforem obciążającym. Ten środek również zagęszcza roztwór DNA, dzięki czemu jest mniej cieknący i bardziej praktyczny. Za pomocą pipety przenieś próbkę roztworu DNA do każdej przemiennej szczeliny w matrycy żelowej. W pustej szczelinie między każdą próbką umieść roztwór DNA, którego długość już znasz (zwany standardem DNA) do kontroli eksperymentu i porównania.
Włącz zasilanie
Teraz włącz komorę elektroforezy. Przy ujemnej mocy próbki DNA zostaną wymuszone na całej długości komory. Małe nici DNA będą poruszać się szybciej przez matrycę żelową iw krótkim czasie oddzielą się od dłuższych, wolniejszych nici. Barwnik w środku barwiącym pozwala śledzić ślad DNA. Nie będziesz w stanie zobaczyć poszczególnych nici DNA, ale nici o tej samej długości zlepią się.
Ostatnie kroki
Po uporządkowaniu DNA matryca jest usuwana z komory elektroforezy. Następnie DNA wybarwia się, aby umożliwić łatwiejszy pomiar i badanie.