Zawartość
Naukowcy mogą rozkładać lub sekwencjonować DNA w jego składowe nukleotydy, które mogą na przykład powiedzieć osobie, czy ma chorobę genetyczną. Powszechne metody ekstrakcji DNA obejmują stosowanie izopropanolu lub etanolu w jednym etapie procesu. Jednak komórki zawierają wiele innych cząsteczek, takich jak białka i lipidy, a naukowcy naturalnie chcą uzyskać roztwór DNA tak czysty, jak to możliwe.
Metody ekstrakcji DNA zazwyczaj obejmują kilka etapów: komórki muszą zostać rozbite, lipidy błonowe muszą zostać usunięte, a DNA musi być oddzielone od białek, RNA i innych zanieczyszczeń. Dwa typowe protokoły to liza alkaliczna do ekstrakcji bakteryjnego plazmidowego DNA i ekstrakcja fenolem-chloroformem. W obu metodach wytrącanie kwasów nukleinowych etanolem lub izopropanolem jest jednym z ostatnich etapów. Po wytrąceniu DNA lub RNA (wypadnięcia z roztworu) można go ponownie zawiesić w wodzie.
Etanol jest dobrym rozpuszczalnikiem
Zarówno etanol, jak i izopropanol dobrze mieszają się (są mieszalne) z wodą, ale mają niższe stałe dielektryczne niż woda, co oznacza, że ich zdolność do ochrony dodatnich i ujemnych ładunków w roztworze i utrzymywania ich segregacji jest znacznie gorsza. Na przykład stała dielektryczna dla wody wynosi 78,5, podczas gdy stała dla etanolu wynosi 24,3. DNA jest naładowane ujemnie, więc jest przyciągane do jonów dodatnich w roztworze, takich jak potas lub sód. Etanol ma gorszą zdolność niż woda do oddzielania dodatnio naładowanych jonów i DNA.
Etanol Zwiększa Stężenie DNA
Etanol sprawia również, że DNA jest mniej rozpuszczalny z innego powodu. Ponieważ cząsteczki etanolu mogą tworzyć interakcje zwane wiązaniami wodorowymi z cząsteczkami wody, zmniejszają liczbę cząsteczek wody dostępnych do uwodnienia DNA. Między tym efektem a niższą stałą dielektryczną etanol zasadniczo powoduje agregację DNA z jonami dodatnimi w roztworze, tworząc ciało stałe lub osad na dnie probówki. Wytrącanie DNA służy do zwiększenia jego koncentracji, ponieważ inne zanieczyszczenia w roztworze nie są wytrącane w tym samym czasie.
Dodatkowe czynniki w procesie
Płukanie etanolem służy również do usuwania zanieczyszczeń o niskiej masie cząsteczkowej, takich jak sole i detergenty. Wybrana sól może się różnić w zależności od tego, czy konieczne jest wytrącenie detergentu dodecylosiarczanu sodu (SDS) z wcześniejszego etapu; na przykład siarczan dodecylu potasu jest nierozpuszczalny i będzie się wytrącał, więc zastosowanie octanu potasu w alkalicznej lizie może usunąć SDS przed dodaniem etanolu / izopropanolu. Etanol można również stosować do wytrącania RNA z tych samych powodów, chociaż wytrącanie RNA zwykle wymaga więcej etanolu.