Według strony internetowej University of Wisconsins BioWeb, starter do PCR jest krótkim, syntetycznym oligonukleotydem (zwykle o długości od 18 do 25 zasad) stosowanym do amplifikacji określonych regionów DNA w technice biologii molekularnej znanej jako reakcja łańcuchowa polimerazy (PCR). Potrzebny jest zarówno starter do przodu, jak i do tyłu, zaprojektowany jako odwrotne uzupełnienie nici DNA, aby flankować i wiązać się z pożądanym regionem DNA. Kiedy naukowcy chcą przeprowadzić badania nad konkretnym genem lub regionem DNA, najpierw muszą wykonać PCR, aby uzyskać wystarczającą ilość regionu docelowego do pracy. Projektowanie sekwencji starterów dla regionu będącego przedmiotem zainteresowania może być konieczne, jeśli nie są one już dostępne za pośrednictwem wcześniej opublikowanych badań lub metodami komercyjnymi.
Uzyskaj sekwencję nukleotydową interesującego genu lub regionu DNA i zdecyduj, jak długo fragment chcesz amplifikować. Starter do przodu i do tyłu jest zaprojektowany do wiązania na początku i na końcu pożądanego fragmentu. Zazwyczaj konwencjonalne metody PCR wykorzystują startery, które flankują region o długości od 100 do 1000 par zasad, podczas gdy metody PCR w czasie rzeczywistym wykorzystują fragmenty o długości około 50 do 200 par zasad.
Zdecyduj, w której sekwencji mają znajdować się startery. Na przykład możesz chcieć lokalizacji w pobliżu 5 lub 3 końca sekwencji lub w środku. W razie potrzeby wyznacz lokalizację starterów tak, aby obejmowały intron.
Postępuj zgodnie z zalecanymi wytycznymi dotyczącymi projektowania podkładu. Pomyślna amplifikacja produktu DNA zależy od jakości starterów, a niektóre zmienne są krytyczne.
Zaprojektuj podkłady o długości od 18 do 24 zasad. Dr Vincent R. Prezioso z Brinkmann Instruments Inc. sugeruje, że ta długość jest wystarczająco długa, aby być wyjątkowo specyficzna dla pożądanego regionu DNA, ale wystarczająco krótka, aby łatwo wiązać (wyżarzać). Temperatura topnienia podkładu (Tm) powinna wynosić od 55 do 80 stopni Celsjusza, wystarczająco niska, aby umożliwić całkowite stopienie w temperaturze 90 stopni Celsjusza lub powyżej, ale wystarczająco wysoka, aby umożliwić wyżarzanie. Zawartość GC (procent Gs i Cs w sekwencji) powinna wynosić od 40 do 60 procent. 3 koniec sekwencji startera powinien kończyć się literą C lub G (zwaną klamrą GC), aby promować wiązanie, ponieważ nukleotydy G i C mają silniejsze wiązania, jednak należy unikać posiadania trzech lub więcej G lub C w ostatnich pięciu zasadach sekwencji.
Unikaj wykonywania czterech lub więcej powtórzeń jednej zasady (jak ACCCC ...) lub czterech lub więcej powtórzeń di-nukleotydowych (takich jak ATATATAT ...), ponieważ mogą powodować błędne przygotowanie.Projektuj startery bez homologii starterów (więcej niż trzy zasady, które uzupełniają się w obrębie samego jednego startera) lub homologii starterów (gdzie starter do przodu i do tyłu mają sekwencje dopełniające). Może to powodować powstawanie samo-dimerów lub primerów-dimerów, w których startery wiążą się ze sobą zamiast z pożądaną sekwencją DNA.
Skorzystaj z zasobów internetowych i stron internetowych, które pomagają w projektowaniu podkładu lub pomagają sprawdzić sekwencje starterów pod kątem samokomplementarności lub możliwości tworzenia struktur wtórnych, takich jak spinki do włosów. Niektóre strony internetowe z projektami starterów obejmują Massachusetts Institute of Technologys Primer3, National Center for Biotechnology Information Primer-Blast i Integrated DNA Technologies OligoAnalyzer.